1. Rozwijanie wiedzy stomatologicznej w zakresie nauk stomatologicznych i szerzenie zdobyczy nauki wśród ogółu lekarzy 2. Inicjowanie nowych problemów medycznych, również o charakterze interdyscyplinarnym 3. Podnoszenie poziomu zawodowego lekarzy stomatologów oraz współdziałanie w dokształcaniu i doskonaleniu kadr medycznych w zakresie stomatologii 4. Kształcenie postawy społecznej i etyki zawodowej środowiska medycznego 5. Współdziałanie przy organizowaniu społecznego lecznictwa stomatologicznego 6. Popularyzacja wiedzy medycznej ze szczególnym uwzględnieniem stomatologii 7. Współdziałanie z innymi organizacjami w sprawach zawodowych lekarzy stomatologów.
PTS realizuje swoje cele poprzez:
1. Organizowanie posiedzeń, sympozjów, konferencji, zjazdów i kongresów naukowych, oraz posiedzeń naukowo-szkoleniowych 2. Działalność wydawniczą 3. Kursy i wykłady dokształcające 4. Ogłaszanie konkursów na opracowywanie ważniejszych zagadnień z zakresu stomatologii oraz przyznawanie nagród za te opracowania 5. Wystawy, pokazy, wycieczki naukowe itp. 6. Kontakty i współpracę z zagranicznymi stowarzyszeniami naukowymi oraz uczestniczenie członków PTS w zjazdach i konferencjach naukowych 7. Wymienne staże naukowo-szkoleniowe z zagranicznymi stowarzyszeniami naukowymi 8. Prenumeratę i wymianę naukowych czasopism stomatologicznych 9. Inne prace zmierzające do podniesienia w Polsce wiedzy stomatologicznej 10. Reprezentowanie członków PTS wobec władz państwowych i administracyjnych w sprawach zawodowych 11. Roztaczanie opieki nad zasłużonymi lekarzami 12. Udzielanie pomocy lekarzom rozpoczynającym pracę
PTS bierze czynny udział w pracach nad reformą studiów stomatologicznych, stażem podyplomowym i szkoleniem podyplomowych. W ramach popierania działalności naukowej Towarzystwo przyznaje corocznie nagrody za najlepsze prace opublikowane w jego organach tj. Czasopiśmie Stomatologicznym i Protetyce Stomatologicznej. PTS współpracuje z Ministerstwem Zdrowia i Opieki Społecznej opiniując wnioski członków Towarzystwa odnośnie udziału w zjazdach, kongresach i sympozjach zagranicznych. Jest członkiem Zrzeszenia Polskich Towarzystw Lekarskich oraz międzynarodowych towarzystw naukowych, z którymi stale współpracuje. Są to:
- Międzynarodowa Organizacja Dentystyczna (Federation Dentaire Internationale, Londyn), - Międzynarodowa Organizacja Profilaktyki Próchnicy za Pomocą Fluoryzacji (European Organisation for Caries Research, Genewa) - Międzynarodowe Towarzystwo Dentystyki Dziecięcej (International Association of Dentistry for Children) - Międzynarodowe Stowarzyszenie Naukowo - Badawcze Podstawowych Nauk Medycznych i Stomatologicznych (GIRSO - Groupement International pour la Recherche Scientifique en Stomatologie et Odontologie, Barcelona)