- Walne Zebranie Delegatów - Zarząd Główny - Główna Komisja Rewizyjna - Główny Sąd Koleżeński
Kadencja organów trwa 4 lata. Obecne władze zostały powołane 23.01.2006.
Struktura Zarządu Głównego PTS
- Prezydent PTS - 3-ch V-ce Prezydentów PTS - Sekretarz Generalny - Skarbnik Generalny - Zastępca Sekretarza Generalnego - Zastępca Skarbnika Generalnego
- Główny Księgowy - Biuro Zarządu
Dla realizacji zadań statutowych utworzono 24 Oddziały i 7 Sekcji Specjalistycznych działających przy Zarządzie Głównym a także Koła i Sekcje działające przy Oddziałach terenowych.
Komisje PTS:
- Komisja Współpracy z Zagranicą - Komisja Godności i Odznak - Komisja ds. Nagród - Komisja Szkolenia Przed- i Podyplomowego - Komisja Promocji Zdrowia, Profilaktyki i Oświaty Zdrowotnej w Stomatologii
Powołanie ich do życia było spowodowane potrzebą prowadzenia prac naukowych i wymianą doświadczeń w węższym gronie specjalistów. Zarządy wszystkich sekcji organizują w okresie swojej kadencji sympozja, konferencje lub zebrania naukowe, popierają działalność naukową fundując nagrody za najlepsze prace w swej specjalności oraz spełniają w szerokim zakresie rolę opiniodawczą dla Zarządu Głównego. Niektóre sekcje nawiązały współpracę z zagranicznymi towarzystwami specjalistycznymi. Oddziały PTS organizują zebrania naukowe, konferencje naukowe często z udziałem gości zagranicznych oraz kursy szkoleniowe.
